MAN Tolitoli pada awal didirikannya bernama SPIAIN membuka 3 jurusan yakni Jurusan Ilmu Pengetahuan Alam (IPA), Jurusan Ilmu Pengetahuan Sosial (IPS) dan Jurusan Pendidikan Agama. Tenaga pengajar yang ada ketika itu berjumlah 9 orang guru bidang studi dan 1 Pegawai. Meskipun begitu SPIAIN ditunjuk sebagai Madrasah Induk dari Filial (kelas jauh) madrasah yang berada diluar Kabupaten Tolitoli. Pendidikan di MAN Tolitoli dititik beratkan pada peningkatan Kongnitif, Afektif dan Psikomotorik yang penekanannya pada Kecerdasan Intelektual, Kecerdasan emosional dan kecerdasan spiritual berkarakter kebangsaan dengan landasan syariat Islam yang kuat. Hal ini dilakukan melalui metode yang lebih baik dan modern sejalan dengan penerapan Kurikulum 2013 dengan Tenaga pengajar yang profesional serta sarana dan prasarana pendidikan yang mendukung kegiatan belajar mengajar baik pada kegiatan Intra maupun Ekstrakurikuler yang diselenggarakan oleh MAN Tolitoli.